आयुर्वेद का इतिहास ईसा पूर्व दूसरी शताब्दी से बहुत पुराना है। आयुर्वेद की नींव वैशेषिक नामक हिंदू दार्शनिक शिक्षाओं के प्राचीन विद्यालयों और न्याय नामक तर्कशास्त्र के विद्यालय द्वारा रखी गई है। यह अभिव्यक्ति ढांचे से भी संबंधित है, जिसे सांख्य के नाम से जाना जाता है, और इसकी स्थापना उसी अवधि में हुई थी जब न्याय और वैशेषिक स्कूल फले-फूले थे।
वैशेषिक स्कूल ने उन निष्कर्षों और धारणाओं के बारे में उपदेश दिया जो उपचार के लिए रोगी की रोग संबंधी स्थिति के बारे में प्राप्त की जानी चाहिए। जबकि, न्याय स्कूल ने इस आधार पर अपनी शिक्षाओं का प्रचार किया कि उपचार के लिए आगे बढ़ने से पहले व्यक्ति को रोगी की स्थिति और रोग की स्थिति के बारे में व्यापक जानकारी होनी चाहिए। वैशेषिक विद्यालय, किसी भी वस्तु के गुणों को छह प्रकारों में वर्गीकृत करता है: पदार्थ, विशिष्टता, गतिविधि, व्यापकता, अंतर्निहितता और गुणवत्ता, जिन्हें संस्कृत भाषा में क्रमशः द्रव्य, विशेष, कर्म, सामान्य, समवाय और गुण कहा जाता है।2 3 बाद में, वैशेषिक और न्याय विद्यालयों ने एक साथ काम किया और संयुक्त रूप से न्याय-वैशेषिक विद्यालय की स्थापना की। न्याय-वैशेषिक विद्यालय ने बाद के वर्षों में प्राचीन ज्ञान को गौरव दिलाया और आयुर्वेद के बारे में ज्ञान के प्रसार में मदद की। इन विद्यालयों की स्थापना से पहले भी और आज भी, आयुर्वेद की उत्पत्ति हिंदू भगवान ब्रह्मा से मानी जाती है, जिन्हें ब्रह्मांड का निर्माता कहा जाता है।4,5 ऐसा माना जाता है कि ब्रह्मांड के निर्माता का निधन हो गया मानव जाति के कल्याण के लिए ऋषियों को उपचार का यह समग्र ज्ञान प्राप्त हुआ। ऋषियों से पारंपरिक औषधियों का ज्ञान विभिन्न लेखों और मौखिक कथनों द्वारा शिष्यों और फिर आम आदमी तक पहुँचाया गया। जड़ी-बूटियों के उपचार गुणों के बारे में जानकारी कविताओं के रूप में लिखी गई, जिन्हें "श्लोक" कहा जाता है। इनका उपयोग ऋषि-मुनियों द्वारा औषधीय पौधों के उपयोग का वर्णन करने के लिए किया जाता था। माना जाता है कि उपचार की हिंदू प्रणाली ज्ञान (वेद) के चार प्रतिष्ठित संकलनों पर आधारित है जिन्हें यजुर्वेद, ऋग्वेद, सामवेद और अथर्ववेद कहा जाता है। ऋग्वेद सभी चार वेदों में सबसे प्रसिद्ध है और इसमें 67 पौधों और 1028 श्लोकों का वर्णन है। अथर्ववेद और यजुर्वेद में 293 और 81 औषधीय रूप से उपयोगी पौधों का वर्णन है। आयुर्वेद का अभ्यास इन वेदों से प्राप्त ज्ञान पर आधारित है। ऋग्वेद और अथर्ववेद के लेखन का श्रेय "अत्रेय" को दिया जाता है, जिनके बारे में माना जाता है कि उन्हें यह ज्ञान भगवान इंद्र से प्राप्त हुआ था, जिन्होंने शुरुआत में इसे भगवान ब्रह्मा से प्राप्त किया था। 6,7 अग्निवेश ने वेदों से ज्ञान संकलित किया, और यह था चरक और कुछ अन्य विद्वानों द्वारा संपादित और वर्तमान में इसे "चरक संहिता" कहा जाता है। चरक संहिता आयुर्वेदिक चिकित्सा के सभी पहलुओं का वर्णन करती है और सुश्रुत संहिता सर्जरी के विज्ञान का वर्णन करती है। इन दोनों पौराणिक संकलनों का उपयोग अभी भी पारंपरिक चिकित्सा के चिकित्सकों द्वारा किया जाता है। ये प्राचीन ग्रंथ विभिन्न अनुवादों और तिब्बती, ग्रीक, चीनी, अरबी और फारसी जैसी भाषाओं में उपलब्ध हैं। विभिन्न विद्वानों के योगदान से निघंटु ग्रंथ, माधव निदान और भाव प्रकाश जैसे कई अन्य संबद्ध छोटे संकलन हैं, हालांकि चरक संहिता सबसे अधिक है सभी रिकार्डों का सम्मान किया।